La leyenda dice que un guardián espectral fue invocado a través de una extraña flauta con el fin de proteger la ciudad de Misthallery en los momentos de necesidad. Esa misma leyenda consiguió que el profesor Layton se desplazara a dicho lugar hace años, produciéndose así el primer encuentro entre Layton y Luke.

El profesor había recibido una carta de su viejo amigo Clark Triton, en la que le pedía ayuda en un caso de lo más peculiar. Según parecía, un malvado espectro estaba destruyendo las casas de la ciudad, durante la noche, al son de una flauta. Naturalmente, el profesor no tuvo ningún problema para descifrar el mensaje secreto que la misiva incluía.

Resolver el misterio de Misthallery en este emocionante episodio, anterior en el tiempo a El profesor Layton y la villa misteriosa, no será nada fácil. Tendrás que explorar e investigar los alrededores, interrogar a sus gentes y, sobre todo, resolver todos los puzles que encuentres en tu camino. Algunos acertijos vendrán de la mano de los vecinos del pueblo y otros estarán escondidos en sus calles, casas y rincones. Tarea tuya será encontrarlos y resolverlos, puesto que sin ellos no conseguirás solucionar este caso.