3D Dot Game Heroes traslada a los jugadores a la edad de oro del mundo de los videojuegos sumergiendo al jugador en el exuberante reino de Dotnia, donde tendrá que acabar con centenares de enemigos equipado con su leal espada, además de buscar tesoros en mazmorras y disfrutar con las pegadizas melodías inspiradas en los juegos retro.

Hace mucho, mucho tiempo, el Oscuro Rey Onyx presidió una era de oscuridad en el Reino de Dotnia. Únicamente la valentía de un héroe con su legendaria espada hizo que Onyx acabara encerrado en un orbe, restaurando la paz en el mundo.

Pero Fuelle, un poderoso Obispo Oscuro, robó el orbe y, con él, la Paz. Dotnia necesita un héroe una vez más.